Hace unos 3.000 años los sanhaja, pueblo antecesor de los diferentes grupos bereberes iniciaron una migración desde el norte hacia el noroeste de África. En su avance, fueron expulsando hacia el sur a la población de piel negra que vivía en el Sáhara, hasta que llegaron a ocupar todo el territorio. Sin embargo, el control de los sanhaja sobre el desierto no fué completo hasta que empezaron a utilizar el camello, hace aproximadamente 2.000 mil años.

Durante muchos siglos los sanhaja que habitaban la zona del Sáhara occidental se enfrentaron a otros pueblos con el objetivo de mantener el control de las rutas que atravesaban el desierto de norte a sur.

Pese a que los sanhaja se convirtieron al Islam en el siglo VIII, la islamización fue muy superficial y no se consolidó hasta su adhesión al movimiento almorávide en el siglo XI.

A principios del siglo XIII un pueblo árabe beduino procedente del Yemen, los Beni Hassan, ocupó el Sáhara sometiendo o expulsando a los otros pueblos que encontraron. Dos siglos después se extendieron por el sudoeste del Sáhara y entraron en contacto con los Sanhaja.

La relación entre los Beni Hassan y los Sanhaja fue compleja. Se establecieron acuerdos, pero también hubo enfrentamientos, como el de Shur Bubba. Al cabo de los siglos, los Sanhaja y los Beni Hassan acabaron por fusionarse. De ellos desciende la mayoría de la población saharaui. Otra parte de la población tiene un origen diferente. La población negra es originaria del sur y a los artesanos se les atribuye su origen en el Africa oriental.
Hacia finales del siglo XVI el sultán de Marruecos, Ahmad el Mansor, envió una expedición a conquistar Tumbuctú, núcleo de caravanas e importante centro comercial. El impacto de dicha expedición sobre las tribus del Sáhara fue casi nulo. Aunque Tombuctú pagó tributos al sultán durante casi un siglo, los saharauis en ningún momento se sometieron al poder del sultán marroquí.

Los contactos de la población saharaui con los europeos comenzaron en el siglo XV. Los mitos que hablaban de las riquezas de Asia o del oro del Sudán, fueron impregnando las mentes de los europeos. En ese mismo siglo empezaron a explorar el mar y tuvieron lugar los primeros intentos de descubrir nuevas rutas comerciales en las costas atlánticas de África.

En la primera mitad del siglo XV se exploró la costa de Marruecos hasta el cabo Bojador, y en el año 1445, Joao Fernandes viajó hacia el interior del Sáhara Occidental. De este modo se inició el comercio de españoles y portugueses con los imperios africanos y con las tribus saharianas que controlaban las rutas de caravanas.

En la costa se fundaron factorías comerciales que atrajeron a los comerciantes africanos. Para evitar conflictos entre ellas, las potencias coloniales firmaron diferentes tratados, como el de Alcaçovas en 1479, o el de Tordesillas en 1497, mediante los cuales se fijaron las zonas de influencia de los dos imperios español y portugués en el África occidental.

En 1886 se iniciaron negociaciones para definir las fronteras entre la zona francesa y la española, que continuaron con acuerdos en 1900, 1904 y 1912. Pero debido a la resistencia de los saharauis, el control del Sáhara Occidental por parte de los españoles no se hizo efectivo hasta mucho más tarde.

Debido a las constantes rebeliones que se producían en el Sáhara Occidental, en 1934 Francia amenazó a España con la ocupación de los esos territorios. Esta amenaza llevó a una cooperación militar franco-española para destruir el movimiento de resistencia anticolonial del pueblo saharaui lo que posibilito la explotación de las riquezas y el control del pueblo saharaui por parte de la potencia colonial española.